- _ -

• __standard_options : MR::App

- a -

• ACTOption : MR::DWI::Tractography::ACT
• adv_init_options : MR::Registration
• affine_options : MR::Registration
• angle_deterministic : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• angle_ifod1 : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• angle_ifod2 : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• argc : MR::App
• argument : MR::App
• ARGUMENTS : MR::App
• argv : MR::App
• AssignmentOptions : MR::DWI::Tractography::Connectome
• AUTHOR : MR::App
• AutoOverSample : MR::Adapter

- b -

• BottomEdge : MR::GUI
• build_date : MR::App
• bvalue_scaling_description : MR::DWI
• bvalue_scaling_option : MR::DWI

- c -

• check_overwrite_files_func : MR::App
• coef_aI0 : MR::Math::Bessel
• coef_aI1 : MR::Math::Bessel
• coef_bI0 : MR::Math::Bessel
• coef_bI1 : MR::Math::Bessel
• coef_cI0 : MR::Math::Bessel
• coef_cI1 : MR::Math::Bessel
• column_ones_description : MR::Math::Stats::GLM
• command_history_string : MR::App
• contrasts : MR::DWI::Tractography::Mapping
• COPYRIGHT : MR::App
• CSD_options : MR::DWI::SDeconv
• cutoff_act_multiplier : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• cutoff_fa : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• cutoff_fixel : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• cutoff_fod : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults

- d -

• default_smoothing_influence_factor : MR::Surface::Filter
• default_smoothing_spatial_factor : MR::Surface::Filter
• DESCRIPTION : MR::App
• DiscardLower : MR::GUI::MRView
• DiscardLowerEnabled : MR::GUI::MRView
• DiscardUpper : MR::GUI::MRView
• DiscardUpperEnabled : MR::GUI::MRView

- e -

• e : MR::Math
• EdgeStatisticOption : MR::DWI::Tractography::Connectome
• electrostatic_repulsion_300_data : MR::DWI::Directions
• electrostatic_repulsion_5000_data : MR::DWI::Directions
• electrostatic_repulsion_60_data : MR::DWI::Directions
• encoding_description : MR::Math::SH
• error_types : MR::Math::Stats
• EXAMPLES : MR::App
• exit_error_code : MR::App
• ExportOptions : MR::PhaseEncoding

- f -

• fail_on_warn : MR::App
• field_choices : MR::Stats
• FMLSSegmentOption : MR::DWI::FMLS
• FocusContrast : MR::GUI::MRView::Mode
• fod_options : MR::Registration

- g -

• glwidget : MR::GUI::GL

- h -

• handlers : MR::Formats
• hermite_tension : MR::DWI::Tractography::Resampling

- i -

• ifod2_nsamples : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• iFOD2Options : MR::DWI::Tractography::Algorithms
• iFODOptions : MR::DWI::Tractography::Algorithms
• image_filter_string : MR::GUI::Dialog::File
• ImportOptions : MR::PhaseEncoding
• Inf : MR
• InvertScale : MR::GUI::MRView

- k -

• known_extensions : MR::Formats

- l -

• LeftEdge : MR::GUI
• LengthOption : MR::DWI::Tractography::Editing
• Lighting : MR::GUI::MRView
• LightingEnabled : MR::GUI::MRView
• lin_stage_options : MR::Registration
• log_level : MR::App

- m -

• M_4PI : MR::DWI::Tractography::GT
• M_sqrt4PI : MR::DWI::Tractography::GT
• main_thread_ID : MR::App
• malloc_align : MR
• maps : MR::ColourMap
• MatrixOutputOptions : MR::Connectome
• max_attempts_per_seed : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• max_trials_per_step : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• maxlength_voxels : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• MetricOptions : MR::DWI::Tractography::Connectome
• minlength_voxels_noact : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• minlength_voxels_withact : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• modes : MR::DWI::Tractography::Connectome
• MoveSlice : MR::GUI::MRView::Mode
• MoveTarget : MR::GUI::MRView::Mode
• mrtrix_version : MR::App
• MSMT_CSD_options : MR::DWI::SDeconv
• multiContrastOptions : MR::Registration

- n -

• NAME : MR::App
• NaN : MR
• new_curv_file_magic_number : MR::Surface::FreeSurfer
• node_count_ram_limit : MR::DWI::Tractography::Connectome
• nonlinear_options : MR::Registration
• NoTransform : MR::Adapter
• num_selected_tracks : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults

- o -

• optim_algo_names : MR::Registration
• option : MR::App
• Options : MR::Algo::Histogram
• OPTIONS : MR::App
• Options : MR::Stats, MR::Stride
• overwrite_files : MR::App

- p -

• pi : MR::Math
• pi_2 : MR::Math
• pi_4 : MR::Math
• print : MR
• project_build_date : MR::App
• project_version : MR::App

- q -

• quad_file_magic_number : MR::Surface::FreeSurfer

- r -

• REFERENCES : MR::App
• report_to_user_func : MR
• REQUIRES_AT_LEAST_ONE_ARGUMENT : MR::App
• ResampleOption : MR::DWI::Tractography::Resampling
• right_left_warning_issued : MR::File::NIfTI
• RightEdge : MR::GUI
• rigid_options : MR::Registration
• rng : MR::DWI::Tractography
• ROIOption : MR::DWI::Tractography

- s -

• seed_to_select_ratio : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• SeedMechanismOption : MR::DWI::Tractography::Seeding
• SeedParameterOption : MR::DWI::Tractography::Seeding
• select_func : MR::File::Dicom
• SelectOptions : MR::PhaseEncoding
• ShaderClipping : MR::GUI::MRView::Mode
• ShaderLighting : MR::GUI::MRView::Mode
• ShaderThreshold : MR::GUI::MRView::Mode
• ShaderTransparency : MR::GUI::MRView::Mode
• ShellsOption : MR::DWI
• SIFTModelOption : MR::DWI::Tractography::SIFT
• SIFTModelProcMaskOption : MR::DWI::Tractography::SIFT
• SIFTOutputOption : MR::DWI::Tractography::SIFT
• SIFTTermOption : MR::DWI::Tractography::SIFT
• SpatiallyContiguous : MR
• sqrt1_2 : MR::Math
• sqrt2 : MR::Math
• statistics : MR::DWI::Tractography::Connectome
• stepsize_voxels_firstorder : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• stepsize_voxels_ifod2 : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• stepsize_voxels_rk4 : MR::DWI::Tractography::Tracking::Defaults
• supported_sparse_formats : MR::Fixel
• SYNOPSIS : MR::App

- t -

• term_add_to_tck : MR::DWI::Tractography::Tracking
• terminal_use_colour : MR::App
• tesselation_1281_data : MR::DWI::Directions
• tesselation_129_data : MR::DWI::Directions
• tesselation_321_data : MR::DWI::Directions
• tesselation_469_data : MR::DWI::Directions
• tesselation_513_data : MR::DWI::Directions
• TiltRotate : MR::GUI::MRView::Mode
• TopEdge : MR::GUI
• track_statistics : MR::DWI::Tractography::Mapping
• TrackOption : MR::DWI::Tractography::Tracking
• TrackWeightsInOption : MR::DWI::Tractography
• TrackWeightsOutOption : MR::DWI::Tractography
• tractogram_geometry_types : MR::GUI::MRView::Tool
• Transparency : MR::GUI::MRView
• TransparencyEnabled : MR::GUI::MRView
• triangle_file_magic_number : MR::Surface::FreeSurfer
• TruncateOption : MR::DWI::Tractography::Editing

- v -

• voxel_statistics : MR::DWI::Tractography::Mapping

- w -

• WeightsOption : MR::DWI::Tractography::Editing
• writer_dims : MR::DWI::Tractography::Mapping